Les contributions des membres représentent plus du quart du financement du Forum (28%). Au delà de ces contributions, les conventions de subvention sont annuelles et sont établies sur la base d’une participation aux actions menées par le Forum des Marais Atlantiques.
Ainsi la région Pays de La Loire et les départements de Vendée et de Loire-Atlantique ont choisi jusqu’à présent de participer financièrement à certaines actions plutôt que d’adhérer. Pour une meilleure cohérence politique, la solution de l’adhésion est celle souhaitée par le Forum des Marais Atlantiques. La Région Poitou-Charentes participe, en plus de sa contribution en tant que membre, au financement de certaines actions.
L’Etat participe au cofinancement de certaines actions dans le cadre de la mission «Pôle-Relais » du Plan intergouvernemental en faveur des zones humides. Les crédits proviennent du Ministère de l’Ecologie, de l’Energie, du Développement Durable et de l’Aménagement du Territoire (MEEDDAT) et transitent par l’Office National de l’Eau et des Milieux Aquatiques (ONEMA). Cette contribution est de l’ordre de 10% du budget total du Forum.
Les Agences de l’Eau Loire-Bretagne et Adour-Garonne sont partenaires des actions du Forum des Marais depuis 1998 et contribuent à hauteur de 17 %. Les actions soutenues par les Agences de l’Eau ne sont pas cofinancées par l’Etat.
L’Europe est également sollicitée pour certaines actions depuis 2003 (programmes SEACASE, INTERREG IIIB, LEADER).
En dehors des contributions de ses membres et des subventions des Agences de l’Eau et de l’Etat, d’autres ressources peuvent provenir de dons et de legs, du produit des emprunts ou encore des sommes perçues des collectivités territoriales ou des associations en échange d’un service rendu.